Les PEP sont signataires au plan national de la convention-cadre entre le ministère de l'éducation nationale et les associations éducatives complémentaires de l'enseignement public dont les Francas et la Ligue de l'enseignement. L'association des PEP40 a poursuivi son rôle essentiel dans ce dispositif en étant association support de l'atelier relais du Collège Victor Duruy à Mont-de-Marsan.

L'atelier relais est un dispositif destiné aux collégiens entrés dans un processus de rejet de l'institution scolaire. Ces jeunes manifestent un désintérêt profond vis-à-vis du travail scolaire, une passivité ou une attitude de repli et le refus de tout investissement réel et durable. L'accueil dans un atelier relais représente pour ces jeunes une solution possible pour réussir leur projet.
Dix enfants sont accueillis par session de quatre semaines, à raison d'une session par trimestre.

L'association participe aux réunions du groupe départemental de pilotage, aux réunions de synthèse et assure la gestion financière du dispositif. De plus, la coordination éducative a été confiée aux PEP dans le cadre du partenariat établi par la convention locale.

Les PEP40 participent également au  comité de pilotage du dispositif-relais du Collège Jean Mermoz de Biscarrosse en proposant des ateliers : voile, trollball, orientation, découverte environnement...